fix: small bug in alcohol and tobacco pipes

Author: Thomzoy

edsnlp/pipes/ner/behaviors/alcohol/alcohol.py

@@ -118,8 +118,8 @@ def process(self, doc: Doc) -> List[Span]:
                 stopped = self.negation.process(span)
                 if not any(stopped_token.negation for stopped_token in stopped.tokens):
                     span._.status = 2
-
-            if "zero_after" in span._.assigned.keys():
-                span._.negation = True
+            else:
+                if "zero_after" in span._.assigned.keys():
+                    span._.negation = True
 
             yield span

edsnlp/pipes/ner/behaviors/alcohol/patterns.py

@@ -3,7 +3,7 @@
     regex=[
         r"\balco[ol]",
         r"\bethyl",
-        r"(?<!(25.?)|(sevrage)).?\boh\b",
+        r"(?<!(25.{0,10}))\boh\b",
         r"exogenose",
         r"delirium.tremens",
     ],

tests/pipelines/ner/disorders/alcohol.py

@@ -9,6 +9,10 @@
         True,
         True,
         True,
+        True,
+        True,
+        True,
+        False,
     ],
     detailled_status=[
         None,
@@ -20,28 +24,40 @@
         None,
         "ABSTINENCE",
         None,
+        None,
+        "ABSTINENCE",
+        None,
+        None,
     ],
     negation=[
         None,
         None,
         None,
         None,
         None,
-        None,
+        False,
         True,
         None,
         True,
+        False,
+        False,
+        False,
+        None,
     ],
     assign=None,
     texts=[
         "Patient alcoolique.",
         "OH chronique.",
         "Prise d'alcool occasionnelle",
         "Application d'un pansement alcoolisé",
-        "Alcoolisme sevré",
-        "Alcoolisme non sevré",
+        "Présence d'un alcoolisme sevré",
+        "Présence d'un alcoolisme non sevré",
         "Alcool: 0",
         "Le patient est en cours de sevrage éthylotabagique",
         "Patient alcoolique: non.",
+        "On a un alcoolique non sevré depuis 10 ans.",
+        "Alcoolisme sevré",
+        "Alcoolisme non sevré",
+        "Dosage vitamines 25-OH",
     ],
 )

tests/pipelines/ner/disorders/test_all.py

@@ -99,7 +99,10 @@ def check(self):
             for ent in ents:
                 assert ent.label_ == self.disorder
                 if negation is not None:
-                    assert ent._.negation == negation
+                    if negation:
+                        assert ent._.negation == negation
+                    else:
+                        assert ent._.negation is None
 
             if not ents:
                 continue

tests/pipelines/ner/disorders/tobacco.py

@@ -9,6 +9,7 @@
         True,
         True,
         True,
+        True,
     ],
     detailled_status=[
         None,
@@ -20,6 +21,7 @@
         "ABSTINENCE",
         None,
         None,
+        None,
     ],
     negation=[
         None,
@@ -31,17 +33,19 @@
         None,
         True,
         True,
+        False,
     ],
     assign=[{"PA": 15}] + 8 * [None],
     texts=[
         "Tabagisme évalué à 15 PA",
         "Patient tabagique",
         "Tabagisme festif",
         "On a un tabagisme ancien",
-        "Tabac: 0",
-        "Tabagisme passif",
-        "Tabac: sevré depuis 5 ans",
+        "Pour le tabac: 0",
+        "Notion de tabagisme passif",
+        "Concernant le tabac: sevré depuis 5 ans",
         "Le patient ne fume aucun truc.",
         "Le patient fume 0 PA.",
+        "On a un tabagique non sevré depuis 10 ans.",
     ],
 )