adding a new cypress test

Author: sagehen03

cypress/e2e/hermes/hermes-upload-cases.cy.js

@@ -0,0 +1,64 @@
+describe('Hermes Upload', {retries: 0}, () => {
+  it('uploads a dataset', () => {
+    cy.intercept('POST', '**/api/login').as('loginRequest');
+    cy.intercept('POST', '**/api/upload-hermes').as('uploadRequest');
+    cy.visit('/hermes/login');
+    cy.get('input[id="email"]').type('uploader1');
+    cy.get('input[type="password"]').type('password');
+    cy.contains('button', 'Sign In').click();
+    cy.wait('@loginRequest');
+    cy.visit('/hermes/new', { timeout: 10000 });
+    cy.get('#dataSetName').type('Cypress dataset');
+    cy.get('#cohort').type('UKBiobank');
+    cy.get('#contactPerson').type('Point of Contact');
+    cy.get('#dataCollectionStart').type('2006/01/01{enter}');
+    cy.wait(500);
+    cy.get('[data-cy="sex"]').type('Male').type('{enter}');
+    cy.get('#dataCollectionEnd').type('2006/01/31{enter}');
+    cy.get('[data-cy="ancestry"]').type('European').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="case-ascertainment"]').eq(0).type('Electronic').type('{enter}');
+    cy.get("#phenotype").type('T2D');
+    cy.get("#caseDefinition").type("My case definition");
+    cy.get("#totalSampleSize").type("989");
+    cy.get("#maleProportionCohort").type("1");
+    cy.get('#callingAlgorithm').type("You called, algorithm?");
+    cy.get('#genotypingArray').type("Array against you");
+    cy.get('[data-cy="referenceGenome"]').type('Hg19').type('{enter}');blur()
+    cy.get('#imputationSoftware').type('Imputate this software');
+    cy.get('#imputationReference').type('Imputation reference');
+    cy.get('#numberOfVariantsForImputation').type('47');
+    cy.get('#imputationQualityMeasure').type('highest quality');
+    cy.get('[data-cy="relatedIndividualsRemoved"]').type('Yes').type('{enter}');
+    cy.get('#variantCallRate').type('.22');
+    cy.get('#cases').type(100);
+    cy.get('#sampleCallRate').type('.2247');
+    cy.get('#hwePValue').type('.09121');
+    cy.get('#maf').type('1');
+    cy.get('#otherFilters').type('My Filters');
+
+    cy.get('input[type="file"]').attachFile('sample-gwas-expanded.csv');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(1).type('chromosome').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(2).type('position').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(3).type('alt').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(4).type('reference').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(5).type('eaf').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(6).type('beta').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(7).type('stdErr').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(8).type('pValu').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(11).type('oddsRatio').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(12).type('oddsRatioLB').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(13).type('oddsRatioUB').type('{enter}');
+    cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(14).type('N').type('{enter}');
+
+    cy.get('#meanAgeControl').type(47.5);
+    cy.get('#meanAgeCases').type(33.11);
+    cy.get('#sdAgeControls').type(22);
+    cy.get('#sdAgeCases').type(99);
+    cy.get('#maleProportionControls').type(.25);
+    cy.get('#maleProportionCases').type(.52);
+    cy.get('button[aria-label="Upload"]').click();
+    cy.wait('@uploadRequest');
+    cy.wait(500);
+    cy.location('pathname').should('eq', '/hermes');
+  });
+});

cypress/e2e/hermes/hermes-upload.cy.js

@@ -9,7 +9,6 @@ describe('Hermes Upload', {retries: 0}, () => {
     cy.wait('@loginRequest');
     cy.visit('/hermes/new', { timeout: 10000 });
     cy.get('#dataSetName').type('Cypress dataset');
-    // cy.get('#genomeBuild').type('GRCh38').type('{enter}');
     cy.get('#cohort').type('UKBiobank');
     cy.get('#contactPerson').type('Point of Contact');
     cy.get('#dataCollectionStart').type('2006/01/01{enter}');
@@ -36,12 +35,6 @@ describe('Hermes Upload', {retries: 0}, () => {
     cy.get('#maf').type('1');
     cy.get('#otherFilters').type('My Filters');
 
-    // cy.get("#participants").type('20');
-    // cy.get("#sexProportion").type('20');
-    // cy.get("#age").type('20');
-    // cy.get("#analysisSoftware").type('Big Analysis Software');
-    // cy.get("#statisticalModel").type('Complex Model');
-    // cy.get("#covariates").type('Here are some covariates');
     cy.get('input[type="file"]').attachFile('sample-gwas-expanded.csv');
     cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(1).type('chromosome').type('{enter}');
     cy.get('[data-cy="column-dropdown"]').eq(2).type('position').type('{enter}');
@@ -59,6 +52,5 @@ describe('Hermes Upload', {retries: 0}, () => {
     cy.wait('@uploadRequest');
     cy.wait(500);
     cy.location('pathname').should('eq', '/hermes');
-    // cy.contains('div.p-toast-message-content', 'File data problems:').should('exist');
   });
 });